A EEM José Francisco de Moura, situada à Av. Possidônio Barreto, 459, no Centro de Palhano, foi criada pelo Decreto Nº 13.157, de 09/03/1979, publicado no Diário Oficial de 14/03/1979, com o nome de Escola de 1º Grau José Francisco de Moura.
Seis anos mais tarde, em 1985, foi implantado o ensino médio, na época 2º Grau, e por meio do Decreto 17.073, de 21/02/1985, publicado no Diário Oficial de 25/02/1985, passou a chamar-se Escola de 1º e 2º Graus José Francisco de Moura. Atualmente, em função das mudanças promovidas pela LDB, a escola trabalha apenas com o Nível Médio e a Educação de Jovens e Adultos (TAM) e chama-se Escola de Ensino Médio José Francisco de Moura.
Desde 1994 responde como pessoa jurídica e é reconhecida pelo Conselho de Educação do Ceará pelo Parecer 0942/2004.
A primeira diretora foi a Irmã Maria Nazaré Teixeira. Ao longo de sua história contou com o trabalho de diversos diretores, sendo que a partir de 1995, estes passaram a ser escolhidos através de concurso público e eleição direta.
